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18 mai 2009
Propos recueilis par Jean-Paul Baquiast

Jean-Jacques Kupiec

Ce texte a été relu par Jean-Jacques Kupiec

Voir aussi la présentation de son ouvrage
L'origine des individus, Fayard 2008




Jean-Jacques KupiecJean-Jacques Kupiec est chercheur en biologie et en épistémologie au centre Cavaillès de l'Ecole Normale Supérieure de Paris. Il s'était fait connaître du public cultivé en publiant avec Pierre Sonigo ce qui fut une sorte de coup de tonnerre dans le ciel encore serein de la biologie moléculaire et du déterminisme génétique : "Ni Dieu ni gène. Pour une autre théorie de l'hérédité" (Seuil, 2000, réédité en 2003).
Voir notre présentation de ce premier livre

Depuis Jean-Jacques Kupiec a poursuivi ses recherches, afin de développer la théorie, ou si l'on préfère, le paradigme de l'ontophylogénèse, présenté dans ce premier livre. Dans cette ligne de pensée, l'ouvrage "L'origine des individus" constitue un travail considérable visant à faire connaître le phénomène d' "expression stochastique des gènes" dont l'auteur a été indiscutablement le premier à proposer un modèle explicatif, ceci dès 1980.

Mais c'est aussi un manifeste philosophique et politique visant à illustrer, dans un milieu de plus en plus pénétré par l'influence des chercheurs et des entreprises américaines, le type de recherches fondamentales auxquelles les scientifiques français excellent, et qui leur sont de plus en plus interdites aujourd'hui, faute des quelques milliers d'euros qui pourraient leur permettre de travailler sans s'obliger à produire en quelques mois un produit applicatif immédiatement commercialisable.

Nous remercions Jean-Jacques Kupiec d'avoir accepté cet entretien. Il nous a donné l'occasion d'aller avec lui au-delà des propos du livre, leur donnant ainsi un sens supplémentaire particulièrement éclairant.

Automates Intelligents

Jean-Paul Baquiast (JPB) pour Automates Intelligents : La première question que suscite non seulement la lecture de votre livre mais les nombreux échos très favorables qu'il a reçu dans la presse, tant scientifique que généraliste, concerne la pénétration en profondeur des idées véritablement révolutionnaires que vous défendez avec quelques collègues. Ces idées peuvent être résumées par quelques formules qui ont fait date : l'ontophylogenèse, le darwinisme cellulaire, l'hétéro-organisation. Elles ont été présentées dans la recension de votre livre publiée précédemment sur ce site. Ce que nous appellerions volontiers la bastille de la biologie moléculaire, de l'empire du «Tout-génétique», des carrières et des business qui y sont associés, en France comme ailleurs, commence-t-elle à se fissurer ? Avez-vous en d'autres termes gagné la bataille entreprise depuis plus de trente ans?

JJK. : La bataille a effectivement commencé pour moi en 1981 puisque j'avais à cette date exposé les principes de ce que j'appelle le darwinisme cellulaire à un colloque organisé par mon professeur de génétique Jean Tavlitzki(1). Depuis je les ai repris et développés dans deux articles publiés en 1983 et 1986, puis une autre série d'articles dans les années 1990, dans lesquels j'ai intégré de nouvelles données expérimentales et les résultats de la recherche épistémologique que j'avais entreprise entre temps.. «Ni Dieu ni gène» a marqué l'extension de ces idées dans le grand public. Où en est-on aujourd'hui?

Nous sommes dans une situation charnière. Il est clair que le dogme de la biologie moléculaire n'est plus. Il n'y a plus personne pour le défendre. Ce dogme enseignait qu'il existe une relation causale, linéaire, allant du gène à l'organe. La biologie moléculaire et la génétique qui s'en inspirent sont déterministes. Elles excluent la participation de tout mécanisme probabiliste (on parle de hasard, mais nous y reviendrons) dans le construction de l'individu lors de l'ontogenèse.. Or il est expérimentalement démontré aujourd'hui, par de multiples preuves, que le hasard intervient dans l'expression des gènes, c'est-à-dire dans la manière dont les gènes fabriquent les protéines. C'est ce que j'appelle l'expression stochastique des gènes – stochastique étant synonyme d'aléatoire.

JPB. : La bataille est donc gagnée ?

JJK. : Je ne dirais pas cela. Aujourd'hui, on n'entrevoit encore qu'à peine les conséquences de cette découverte. Certes, de plus en plus de chercheurs sont attentifs à la théorie du darwinisme cellulaire. Mais ceci se fait à plusieurs niveaux. Il y a en effet diverses façons d'interpréter les faits expérimentaux. On peut considérer que les expériences traduisent une marge de fluctuation dans les systèmes biologiques, mais que la théorie antérieure reste fondamentalement valable. On peut aussi considérer qu'elles impliquent un remaniement complet de la théorie, ce qui est mon point de vue. Même en ce cas, il apparaît différentes opinions dans la communauté des biologistes – je parle de ceux qui sont déjà alertés par l'importance de la découverte des mécanismes de hasard et des mécanismes probabilistes dans l'expression des gènes. Il y a néanmoins un progrès certain. En témoigne le livre que nous avons publié, «Le hasard au cœur de la cellule» où se sont exprimés de nombreux chercheurs venus d'horizons différents. Il ne s'agit donc plus d'idées totalement marginales(2). On ne peut pas dire que la partie soit entièrement gagnée. Il subsiste encore des noyaux de résistances très forts. Il est évident cependant que dorénavant les têtes de pont sont solidement établies...

JPB. : C'est Syllepse qui a édité ce dernier livre. Il s'agit d'un éditeur qui s'affiche comme matérialiste, ce qui est rare et bien utile dans un monde où prolifèrent les influences spiritualistes de toutes origines...

JJK. : Il est vrai que derrière la façon d'interpréter les mécanismes que j'ai décrits se trouvent des enjeux philosophiques plus importants, et donc des résistances. C'est pourquoi je continue à penser que nous ne sommes pas à l'abri d'une récupération. Il s'agit du même phénomène de résistance que le travail de Darwin avait suscité, à une bien plus grande échelle, dès sa parution. Il y a eu des récupérations spiritualistes multiples, provenant des tous les partisans de l'émergence et l'évolution créatrice de type bergsonien. Ils ont repris l'idée d'évolution pour en faire autre chose. Or je constate qu'il y a déjà des gens qui s'efforcent de faire de même aujourd'hui avec l'expression stochastique des gènes et l'ontophylogenèse. C'est tout le courant de l'auto-organisation, dont les défenseurs sont les descendants des émergentistes spiritualistes.

Il s'agit d'une véritable imposture intellectuelle. Les gens de l'auto-organisation n'ont jamais mis en avant des théories intrinsèquement probabilistes, surtout au niveau de l'expression des gènes. Maintenant que les biologistes moléculaires ont démontré le rôle fondamental du hasard en biologie moléculaire– ils ne pouvaient pas faire autrement – les partisans de l'auto-organisation essaient de récupérer les mécanismes correspondants pour les mettre à leur sauce.

Sur l'auto-organisation, l'émergence et…le réductionnisme

JPB. : Arrêtons-nous sur deux points de vocabulaire : vous avez cité dans votre livre, comme ici dans cet entretien, les concepts d'auto-organisation et d'émergence en expliquant qu'ils excluent le rôle du hasard et de la sélection par le milieu extérieur. N'avez-vous pas de ces concepts une vue un peu réductionniste ? Il me semble que beaucoup de ceux qui évoquent l'auto-organisation dans les systèmes n'affirment pas qu'il s'agit de systèmes qui s'auto-organiseraient d'eux-mêmes ou sous l'influence d'un quelconque élan vital. Ils s‘auto-organisent par interaction avec un milieu et par sélection. C'est ce que montre bien par exemple le gros livre que E.O. Wilson vient de consacrer aux fourmis(3). Il n'y dit pas que les fourmilières sortent de la cuisse de Jupiter. Elles résultent pour lui de ce que Gilbert Chauvet, entre autres, nommait «le hasard contraint». Je dois dire, en appui de votre point de vue, que Wilson n'emploie pas de façon systématique le terme d'auto-organisation. Il parle de «superorganisme» comportant plusieurs paliers d'organisation.

JJK. : Il faut en effet de la clarté dans les débats intellectuels. Il y a eu des définitions très fortes du concept d'« émergence »(4). Celle-ci était présentée par les partisans de l'auto-organisation comme résultant d'un phénomène d'organisation spontanée dans le cadre de conceptions holistes. Mais on ne peut pas dire une chose et son contraire quand il s'agit d'en venir à la réalité expérimentale. A partir du moment où l'on dit que cette organisation se fait sous contrainte, il ne s'agit plus d'auto-organisation mais de ce que j'appelle l'hétéro-organisation. Autrement dit, on revient dans le champ du darwinisme. Le concept d'auto-organisation n'a plus de validité.

Précision importante : je ne connais aucun réductionniste, aussi obtus soit-il, pour penser qu'un système ne se constitue pas par interaction entre ses constituants (par exemple les molécules). Même Monod, prototype des réductionnistes, parle de morphogenèse spontanée. La question posée n'est pas celle de l'interaction des constituants d'un système, que nul ne conteste. Elle est de savoir ce qui guide ces interactions. Et là on trouve soit des chercheurs de bonne foi qui se laissent embarquer dans un spiritualisme implicite du fait de la confusion volontairement répandue, soit de ceux que je n'hésite pas à nommer des esprits malhonnêtes. Il y a clairement un courant de pensée apparu fin XIXe siècle, début XXe, qui a mis en avant le concept d'émergence sur lequel s'appuient les théoriciens de l'auto-organisation.

Pour les tenants de ce courant holiste-émergentiste, l'organisation apparaît spontanément. Quand vous mettez en présence telles ou telles molécules, des propriétés nouvelles vont spontanément émerger. Pour un matérialiste, cela pose un vrai problème, car cela signifierait qu'il y a saut qualitatif non réductible aux éléments de départ. On se trouverait alors dans une forme de création ex nihilo. On ne parle pas encore de l'influence d'un Dieu extérieur à la nature. Mais on s'en rapproche. On immerge Dieu dans la nature. Supposer une espèce de Création rampante est proche du spinozisme. C'est la position d'Henri Atlan.

Dans l' "Origine des individus", j'ai consacré un chapitre entier à la question. Ce n'est pas que j'aie une position a priori. Je voulais seulement regarder si les théories de l'auto-organisation peuvent répondre aux problèmes concrets qui sont posés par la stochasticité, par ces aspects probabilistes qui sont découverts à l'heure actuelle par les biologistes moléculaires eux-mêmes. J'ai présenté et discuté les principaux penseurs de l'auto-organisation : Prigogine, Kauffman, Atlan, Paul Weiss et d'autres biologistes américains. Dans certains cas, leurs travaux ont une certaine pertinence, par exemple celui que vous avez cité. Mais dans leurs analyses, on s'aperçoit qu'ils ne parlent plus réellement d'auto-organisation. D'un côté, on trouve des affirmations théoriques relatives à la création spontanée de propriétés qualitativement nouvelles, d'un autre côté, en analysant concrètement les modèles qu'ils proposent, on s'aperçoit qu'ils mentionnent toujours des contraintes environnementales. Ils les intègrent dans leurs modèles. Ils ne pourraient pas ne pas le faire sans nier l'évidence, mais ils n'en tiennent pas compte dans le discours final, dans la manière dont ils conceptualisent le phénomène.

Je donne l'exemple des convections de Bénard(5), qui constituent l'exemple paradigmatique toujours évoqué par les partisans de l'auto-organisation. Celles-ci ne se produisent que si on applique un gradient de température. Il s'agit donc d'une contrainte extérieure, produisant par conséquent ce que je nomme une hétéro-organisation. Dans tous les cas analysés dans mon livre, j'ai mis en évidence les contraintes externes appliquées aux systèmes au sein des modèles qu'ils ont développés. Je ne mets pas en doute ces modèles concrets. Prigogine savait résoudre des équations différentielles. Je conteste la récupération de ces mécanismes réels par le concept d'auto-organisation, laquelle selon moi relève du tour de passe-passe. C'est un enjeu très important pour les matérialistes.

Quant au mot émergence, que nous utilisons ici, je ne vais pas prétendre l'interdire. Il existe et désigne très bien le fait que constamment de nouvelles choses apparaissent au regard de l'observateur, y compris dans la vie quotidienne. Il y est bien adapté. Par contre, il est aussi devenu un concept clairement défini dans un dispositif théorique. Il a été utilisé par les partisans du holisme et de l'auto-organisation. Je fais un certain nombre de citations dans lesquelles les auteurs affirment la création spontanée de propriétés irréductibles et inexplicables. On ne peut selon eux que les constater, mais non les expliquer. Autrement dit, on réintroduit de l'irrationnel dans le domaine scientifique. Les matérialistes doivent y faire très attention. Ce n'est pas un hasard si aux Etats-Unis, des fondations connues comme créationnistes telle la Fondation Templeton soutiennent à fond les théories de l'auto-organisation.

Je voudrais ajouter que le mot de réductionnisme est un peu considéré de nos jours comme désignant une maladie honteuse de la pensée. Or il ne faut pas oublier que la science a toujours été et demeure réductionniste. Il s'agit d'un autre mot pour désigner la méthode analytique. Les grandes avancées de la biologie ont toujours été réalisées par des chercheurs utilisant cette méthode. Il faut le dire même y compris en tenant compte des critiques que l'on peut lui faire a posteriori. Critiquer le réductionnisme génétique, c'est critiquer une forme de réductionnisme très particulière et non critiquer le réductionnisme en général. Pour moi, d'ailleurs, le réductionnisme génétique n'est pas un vrai réductionnisme, au sens scientifique profond. Comme vous savez, je mets en avant le fait qu'il faille réintroduire dans les mécanismes biologiques l'importance du hasard brownien, les lois de la physique et plus particulièrement les lois de la physique statistique. Or cette position exprime une forme de physicalisme, une forme de réductionnisme, encore plus forte que le réductionnisme génétique. Comme je l'indique dans mon livre, il n'y a pas de différences de nature entre les lois physiques et les lois biologiques (ce qui ne veut pas dire que la biologie soit la même chose que la physique). Or dire cela, c'est défendre une forme de réductionnisme que je trouve indispensable.

JPB. : On pourrait ajouter que parler de mouvement brownien ne veut pas dire que les molécules individuelles (à supposer que ce concept de molécule individuelle ait un sens) n'obéissent pas à de micro-lois qu'un instrument très puissant, comme celui dont rêvait Laplace, pourrait observer. Chaque molécule est soumise aux lois de Newton.

Sur le hasard

Ceci nous reconduit à votre théorie de l'ontophylogenèse. Vous faites appel au hasard, mais vous ne dites pas qu'il s'agisse d'un hasard de nature extranaturelle. C'est un hasard qui pourrait être analysé si l'on pouvait remonter au niveau des micro-déterminismes qui font que tel gène active telle protéine et non telle autre. C'est un hasard qui laisse ouvert la voie à des études plus approfondies...

JJK. : Bien sûr. Le mot hasard est généralement mal compris. On est obligé d'employer ce mot pour que les gens comprennent ce que l'on veut dire, mais c'est un très mauvais terme. Il sous-entend en quelque sorte l'irrationalité. Le mot adéquat est probabilité. Le calcul des probabilités est une technique qui permet une approche rationnelle de toute une série de phénomènes qui auparavant étaient couverts par le mot hasard. On s'est aperçu que l'on pouvait avoir une approche rationnelle grâce à un outil technique développé par l'homme, le calcul des probabilités, qui permet de réintroduire de la rationalité là où l'on n'en voyait pas. C'est tout le contraire de ce que l'intuition commune entend quand on fait appel à l'absence de causes, au chaos, etc. Le calcul des probabilités permet de faire des prédictions très précises.

JPB. : Vous n'ignorez pas que c'est exactement ce que disent les physiciens quantiques. Même si vous ne voulez pas, très modestement, sortir de votre discipline, la biologie, il peut être utile de faire remarquer les convergences. Elles font apparaître ce que l'on pourrait appeler une science des méta-systèmes, une méta-science, qui devrait être très éclairante à l'avenir...

JJK. : C'est possible en effet. Je crois cependant qu'il faut être d'une extrême prudence dans l'exportation des concepts d'une discipline à une autre. Je me place en disant cela du point de vue de la biologie. La biologie du XXe siècle a souffert d'une importation non contrôlée des concepts de la cybernétique : les notions de programme, d'information, y ont été particulièrement funestes. Personnellement, je suis conscient de mes limites et je ne veux pas me hasarder à parler de choses que je connais moins bien.

JPB. : Ceci vous honore. Convenez cependant que si les notions de programme ou d'information développés par l'informatique linéaire des années 1960 sont mal venues en biologie, les nombreux travaux menés avec des populations de robots évolutionnaires donnent aujourd'hui un sens très concret au darwinisme appliquée à la biologie. On voit comment, sans que cela ait été programmé à l'avance par des programmeurs de génie, de tels robots acquièrent, selon les processus du hasard contraint, différentes capacités non seulement propres aux êtres vivants mais aussi à leurs cerveaux.

Je voudrais aussi vous dire un mot de la neurologie. Si l'on considère que le cerveau est composé (image) de milliers d'unités discrètes interagissant pour produire à tout instant des milliers de représentations du monde, lesquelles entrent en compétition pour produire une formulation langagière unique à la suite de contraintes internes et externes diverses, ne pourrait-on pas pour décrire ces mécanismes utiliser les formules que vous appliquez au darwinisme cellulaire ?

JJK. : C'est exact. Il y a deux théories faisant appel au darwinisme pour expliquer le fonctionnement du cerveau, celle de Danchin et Changeux (1973) dite de la stabilisation sélective des synapses(6), et celle d'Edelman, qui a plus ou moins reprise celle de Changeux sous le nom de darwinisme neural (1987) On peut citer aussi les descriptions darwinienne du système immunitaire. Rien de cela n'est remis en cause, bien au contraire.

Réunifier l'ontogenèse et la phylogenèse

JPB. : Je pense que vous devriez ici, pour ceux qui liront cet entretien, expliquer pourquoi vous avez proposé d'unifier l'ontogenèse et la phylogenèse. C'est véritablement le point le plus fondamental de votre théorie (je souligne), le plus révolutionnaire, le plus susceptible de répercussions multiples. Il faut absolument que les lecteurs le comprennent...

JJK. : Oui. Rappelons que l'on désigne par ontogenèse la genèse de l'individu, la phylogenèse désignant celle de l'espèce. Depuis toujours, on a considéré qu'il s'agissait de deux processus différents, pour lesquels il fallait développer deux théories différentes. Dans la période actuelle on a, d'un côté, pour la phylogenèse, une théorie de l'évolution qui est la théorie néo-darwinienne faisant appel à la sélection des variants apparus lors de certaines mutations et de l'autre côté, concernant l'ontogenèse, l'embryogenèse des animaux adultes qui est sous contrôle, autrement dit qui résulte, de l'expression du programme génétique inclus dans l'ADN.

Or le problème fondamental est qu'en fait les espèces n'évoluent pas. L'espèce chien n'a pas évolué en renard. Non plus que l'espèce cheval en âne. Tout simplement parce que l'espèce est une entité abstraite. Ce ne sont pas les espèces qui évoluent, mais des individus. Dans la réalité, la seule chose qui existe, c'est la reproduction continuelle des individus. Il faut donc nécessairement qu'il y ait un point de contact entre les deux théories.

J'insiste là-dessus, car la question n'est pas évidente. Elle est pourtant essentielle, car elle a des implications philosophiques. Cette question traverse à mon avis toute l'œuvre de Darwin. Celui-ci a déconstruit le réalisme de l'espèce (le fait que l'on considère l'espèce comme une réalité en soi) pour en arriver à une conception généalogique qui se traduit par l'idée d'un continuum d'individus. Comme on avait jusqu'ici considéré qu'il y avait deux processus différents, on a développé pour les expliquer deux théories différentes. C'est de là que proviennent toutes les contradictions théoriques et expérimentales (car la théorie influence les expériences que l'on bâtit à partir d'elles) ayant jusqu'à présent affecté la biologie.

J'ai crée le concept d'ontophylogenèse pour dire qu'il n'y a qu'un seul processus et que l'on ne doit avoir qu'une seule théorie pour le décrire. La théorie néodarwinienne actuelle a opéré une régression théorique par rapport à Darwin puisque celui-ci n'avait de l'espèce, comme nous venons de le dire, qu'une conception généalogique. Dans le cadre de la biologie moléculaire, on en est revenu à un réalisme de l'espèce : celle-ci correspond à une structure identifiable correspondant elle-même à une information génétique.

JPB. : Ce que vous avez montré, sauf erreur de formulation de notre part, c'est qu'un seul et même processus, celui de la sélection des variants apparus au hasard, peut jouer aussi bien dans la formation de l'individu adulte au moment de l'embryogenèse (le darwinisme cellulaire) que dans la sélection des individus adultes capables de survivre aux contraintes de l'environnement et susceptibles d'être regroupés ensuite par un observateur extérieur en catégories homogènes que l'on baptisera espèces par commodité, s'ils présentent des caractères globalement semblables...

JJK.: Oui. On peut noter d'ailleurs que l'idée darwinienne selon laquelle il n'existe que des reproductions d'individus avait été clairement exprimée par Claude Bernard dans un texte dont je donne la citation intégrale.

JPB. : Vous avez bien fait de rendre hommage à Claude Bernard, trop souvent oublié aujourd'hui. Mais comment expliquez-vous que des gens supposés intelligents, et qui ne soient pas guidés par une idéologie spiritualiste, aient pu supporter si longtemps la contradiction induite par le néo-darwinisme ?

JJK. : C'est qu'en biologie, les implications idéologiques sont si fortes qu'il a fallu un considérable travail scientifique pour se dégager des a priori psychologiques, philosophiques, métaphysiques qui gênent le développement des idées. En biologie, ces a priori sont encore plus prégnants qu'en physique. On y parle constamment non seulement des espèces, mais aussi de l'espèce humaine. Or renoncer au réalisme de l'espèce, renoncer à l'idée que l'espèce est une entité réelle, c'est aussi renoncer à l'idée que l'espèce humaine serait une entité réelle. En tant qu'être humain, nous avons probablement là un problème par rapport à notre propre identité. Les concepts d'information et de programme génétique ont donc réintroduit le réalisme des espèces, en partie sans doute de manière inconsciente pour résoudre ce problème d'identité. On affirme ainsi qu'il existe une structure réelle correspondant à une information et un programme génétiques qui définissent l'Homme. De là découlent toutes les régressions.

JPB. : Le concept de stéréospécificité, que vous avez très largement démoli, visait à démontrer qu'il y avait un ordre moléculaire, correspondant à l'ordre de l'espèce.

JJK. : Les biologistes moléculaires ont projeté le concept d'espèce ou de spécificité sur le monde moléculaire. La stéréospécificité des molécules repose en effet sur l'idée que les molécules sont spécifiques, qu'il y a des classes de molécules lesquelles réagissent les unes avec les autres d'une façon définie, et qu'il existe finalement un ordre moléculaire. On évacue totalement le hasard (au sens que nous avions défini toute à l'heure) du monde moléculaire de la biologie. On veut montrer qu'au niveau moléculaire, il règne un ordre parfait des molécules, une sorte de défilé militaire du 14 juillet, les bataillons de molécules entrant en scène les uns après les autres. Or on s'est aperçu que cela était faux. Cet ordre moléculaire est le reflet de l'ordre correspondant à l'information génétique contenue dans les gènes. C'est d'ailleurs inscrit dans l'étymologie du mot qui vient de genos en grec c'est-à-dire le genre ou espèce.

La structuration des protéines

JPB. : Le concept de stéréospécificité était lié à la découverte du repliement de la molécule et à la possibilité qu'elles ont de mettre ainsi en concordance des sites actifs afin de produire des interactions univoques entre elles. Cela est-il abandonné aujourd'hui ?

JJK. : Oui et non. Les biologistes moléculaires considèrent toujours qu'il existe une structure tridimensionnelle des protéines. Mais, pour vous donner une idée, ils savent aujourd'hui que 30 à 60% des protéines ont des régions entières qui ne peuvent pas spontanément donner de structures secondaires, donc qui ne pourront pas donner de structures tridimensionnelles. On les appelle des régions intrinsèquement désordonnées. Ceci n'a rien d'anecdotique. Très souvent il s'agit de plus de 50% de la protéine. Ce ne sont pas des régions marginales, car elles touchent aux sites actifs. Dans certains cas, c'est la protéine entière qui est totalement désordonnée.

Qu'est-ce qui confère alors leur structure à ces protéines ? Ce n'est pas l'information contenue dans le gène, comme l'affirme le dogme génétique, mais c'est le fait qu'elles rencontrent une autre protéine. C'est donc l'interaction avec une autre protéine qui va stabiliser la protéine. Mais en fonction de l'autre protéine rencontrée, la première sera stabilisée sous des formes totalement variables. On sait maintenant qu'une protéine impliquée dans la structuration de la chromatine et l'expression des gènes peut se stabiliser, interagir, avec plusieurs dizaines de gènes différents. Dans certains cas, deux protéines peuvent interagir ensemble de deux façons différentes. Il y a donc là obligatoirement un élément d'aléatoire considérable.

Ceci pour dire que l'absence de la stéréospécificité ne signifie pas seulement qu'une protéine puisse interagir avec de nombreux partenaires parce qu'elles ont les mêmes séquences d'interaction. Elle signifie aussi que la protéine est intrinsèquement capable de se structurer différemment. Ce qui fait que la protéine est ce qu'elle est, c'est son histoire en temps réel dans la cellule, et pas l'information codée dans le gène dont elle est issue. On est donc obligé de remettre en cause de fond en comble tout ce que l'on s'imaginait connaître. Ce dont nous parlons en ce moment résulte de travaux très récents, parallèles à ceux concernant l'expression des gènes.

JPB. : Il reste que, comme pour ce qui concerne l'expression stochastique des gènes, les gens qui étudient ce que vous appelez la structuration stochastique des protéines, en fonction des partenaires qu'elles vont rencontrer, n'en tirent pas toutes les conclusions qui s'imposeraient.

JJK. : Oui. Il faut tenir compte de l'échelle d'observation à laquelle on se place. Au niveau moléculaire, il n'y a pas de spécificité, il y a de la stochasticité. Mais, au niveau macroscopique, à notre niveau, il apparaît une forme d'ordre. Nous parlions d'espèces. Elles évoluent lentement. Il y a des individus qui se ressemblent parce qu'ils sont proches généalogiquement, dans le temps. Toute la question est de savoir pourquoi malgré tout il y a de l'ordre qui apparaît au niveau macroscopique. La théorie de l'ontophylogenèse que j'ai proposée consiste à dire que c'est justement là qu'interviennent les contraintes. Ceci veut dire que le niveau moléculaire est intrinsèquement aléatoire. On pensait que cela constituait un inconvénient en biologie, en empêchant par exemple l'apparition d'individus viables. Or c'est un avantage car il s'agit d'une réserve de diversité, de plasticité adaptative. Mais cette diversité est contrôlée par les contraintes sélectives qui viennent de l'environnement et qui se propagent dans l'organisme via les structures cellulaires et pluricellulaires. Cela, c'est la théorie du darwinisme cellulaire. C'est donc un renversement complet par rapport au principe du programme génétique.

JPB. : Il me semble que vous devriez mettre en valeur une conséquence importante de votre théorie. Au niveau macroscopique et dans l'espace de quelques générations, les modalités d'évolution des individus et des espèces n'apparaissent pas. Mais si l'on veut rentrer dans le détail et faire apparaître des mutations fussent-elles initialement mineures mais pouvant être lourdes de conséquences, il faut comprendre comment elles se produisent. Vous avez évoqué dans votre livre cette problématique à propos de l'étude de la cancérisation dont le processus peut s'initialiser au niveau d'une seule cellule. J'y reviendrai plus loin.

JJK. : Bien sûr. Nous, en tant qu'observateurs, nous faisons des regroupements permettant de parler d'espèces. Mais il n'y a jamais deux entités qui soient rigoureusement identiques. Là, on aborde la question du nominalisme et la querelle des universaux. Darwin l'avait bien dit. Il a écrit quelque part que « nul ne peut nier que les individus ne sont jamais coulés dans le même moule ». Darwin a rédigé des pages entières pour démontrer qu'il n'existe pas de noyaux structurels d'invariance. Tout peut varier et c'est cette variabilité qui permet l'évolution. Ceci dit, les regroupements que nous créons, à notre échelle, ont une certaine validité. Nous avons besoin de nous repérer, ne pas confondre un cheval et un chien.

JPB. : Dans une certaine mesure, on peut donc dire que le milieu influence la façon dont l'individu se reproduira. Il entraîne des conséquences sur ce que l'on appelle l'espèce. Ne pourrait-on dire que l'on en revient d'une certaine façon au lamarckisme. Tout ne se fait pas par mutations désordonnées. Quand je parle du milieu, il s'agit du milieu naturel et pas du milieu culturel. On sait depuis longtemps que le milieu culturel influe en termes épigénétiques sur le développement des individus regroupés en société, mais il s'agit d'une problématique différente de celle examinée ici. Je fais allusion dans ma question à un milieu extérieur à l'individu et à l'espèce. Pour reprendre l'image canonique des girafes, si celles-ci ont acquis un long cou, ce n'était pas pour brouter les feuilles des arbres élevés ni même en étirant leur cou pour ce faire. Elles ont acquis un long cou parce que des mutations survenues au hasard, au sein des cellules germinales de lignées d'individus contraints par la nécessité de survivre en se nourrissant de feuilles d'arbres, ont ouvert à ces individus un nouveau créneau d'adaptation, la possibilité d'atteindre le sommet des arbres – mutations au hasard n'étant pas survenues dans d'autres lignées d'individus, par exemple chez les chèvres.

JJK.: Vous avez raison, mais comme vous l'indiquez vous-mêmes, on n'en revient pas avec ma théorie au lamarckisme proprement dit. De plus, on peut préciser qu'il ne s'agit pas d'une influence du milieu répétée à chaque génération. Je pense que le milieu s'intériorise. A un moment donné, nous disposons d'une certaine structure. Cette structure est le résultat de toute notre histoire passée, qui remonte à la première cellule vivante. Cette structure, on la transmet à nos descendants dans nos cellules germinales. Un œuf, l'ovocyte chez les mammifères, est une cellule déjà hautement structurée. Cette structure est le résultat de contraintes environnementales ayant agi dans l'histoire de la lignée généalogique dont nous sommes le dernier maillon. Nous la transmettons à nos descendants et c'est cette structure là, la structure cellulaire, qui va contrôler l'expression des gènes, qui va permettre de réduire et d'orienter la stochasticité inhérente au niveau moléculaire.

Comme cette structure, en ce qui nous concerne, représente ce que nous appelons l'être humain, l'individu qui va être créé à la génération suivante sera aussi un être humain. Ceci explique que, sans faire appel à la notion de gène, on puisse comprendre la reproduction de structures appartenant à la même espèce. Précisons à l'occasion qu'il existe deux structures qui vont rester en interaction permanente avec l'environnement et évoluer en conséquence, indépendamment du vieillissement qui affecte le reste du corps. Il s'agit du cerveau et du système immunitaire.

JPB. : Je reviens sur ces points qui sont importants. Dans une première version de la recension que j'avais faite de votre livre, j'avais écrit : «On peut dire d'une façon imagée que les molécules sont agitées d'un mouvement brownien n'excluant pas la construction temporaire de structures qui se désassemblent aussitôt qu'assemblées, sauf à rencontrer un environnement favorable, atomique ou thermique, propice à leur persistance. Ces structures, qui ont toutes par définition des composants et des organisations différentes (aucun plan d'ensemble ne guidant leur assemblage) entrent en compétition darwinienne les unes avec les autres. Celles qui survivent constituent des structures plus complexes que l'on pourrait qualifier de niches écologiques imposant des contraintes sélectives orientées aux nouvelles venues. Chacune constituent à son niveau des «milieux extérieurs» jouant le rôle d'agents sélectifs au sein d'un milieu intérieur plus vaste. Ainsi apparaissent des tissus, des organes, des fonctions et de nouvelles sources de création de structures. Progressivement des structures cadres se forment et se stabilisent.».

Or vous m'avez répondu : «Ce passage est important. Il pose la question de l'origine. Pour moi, il n'y a pas construction de structures puis constitution d'un environnement. Ce qui laisserait intacte l'idée d'une origine homogène et identifiable. Du fait du caractère intrinsèquement probabiliste du réel, on est d'emblée dans l'hétérogène, donc d'emblée il y a un intérieur et un environnement. De manière plus explicite : il n'y a pas d'origine». J'ai donc retiré mon paragraphe. Mais dans la suite de ce que nous disons ici, pouvez vous m'expliquer cette remarque, alors que précisément je pensais avoir traduit votre pensée. Je n'avais pas fait allusion à une origine quelconque – sauf peut-être à l'émergence initiale de la matière à partir de l'énergie du vide quantique.

En revanche , je voulais exprimer une idée que j'avais retenue en travaillant avec un ami biologiste, malheureusement mort depuis, Gilbert Chauvet, père de la « physiologie intégrative »(7). Il avait réalisé un modèle informatico-statistique du corps humain et de son évolution illustrant le principe de ce qu'il avait, lui aussi, nommé le hasard contraint. Sans se placer comme vous au niveau moléculaire, il n'en était pas loin, car il étudiait notamment le devenir des intrants pharmacologiques dans l'organisme. Ce type d'approche, je suppose, vous ne le niez pas…

JJK. : Non, bien sûr. Votre passage était bon et il ne fallait pas le retirer. Mais je voulais seulement attirer l'attention sur le fait qu'il pouvait induire un malentendu sur la question de l'origine. On aurait pu penser en vous lisant qu'il existait une origine, par exemple au niveau moléculaire, à partir de laquelle toutes les molécules et structures macromoléculaires se seraient constituées. Or cette idée de l'origine, pour les matérialistes, pose un problème important. Comme mon livre s'intitule l'Origine des individus, ce qui fait allusion à l'Origine des espèces de Darwin, j'ai voulu préciser dans l'introduction qu'il fallait exclure du champ la question de l'origine, comprise comme l'origine temporelle, comme le début d'une histoire. L'origine peut pour moi être comprise de deux façons. Soit il s'agit de l'origine chronologique, qui pose la question de l'avant et donc du Pourquoi, soit il s'agit plus simplement du mécanisme qui donne naissance à… Or Darwin ne parle jamais de l'origine chronologique. Parce que c'est une question métaphysique dans laquelle il ne voulait pas s'engager, dans la mesure où elle renvoie au Pourquoi.

Aujourd'hui, des biologistes essaient de retrouver l'origine de la vie. Mais pour moi, cela ne dira pas grand-chose sur les origines de la vie et moins encore sur ce qu'il y avait avant car ils utilisent pour leurs essais la connaissance qu'ils ont de la vie telle qu'elle est devenue aujourd'hui. Quant à la « réalité » quantique dont vous m'avez parlé et dont la matière et la vie seraient issues, je ne peux y voir par définition que du stochastique. Si la réalité est intrinsèquement stochastique, elle l'était au temps t. Donc l'origine est floue. Et si elle était stochastique, elle était déjà riche de plusieurs potentialités. Elle était hétérogène et non homogène. Autrement dit, il existait d'emblée des frictions entre un environnement et quelque chose que l'on pourrait considérer comme un intérieur. Ceci est important.

JPB. : En vous écoutant et sans vouloir à tout prix vous entraîner dans la cosmologie théorique (dont je ne parle moi-même qu'en béotien), je suis frappé de la convergence entre ce que vous dites et par exemple les hypothèses de la théorie des cordes, selon lesquelles un nombre quasiment infini d'univers aux variables fondamentales différentes peuvent se matérialiser à tous moments du fait des fluctuations aléatoires du vide. Dès qu'un de ces univers émerge, il se construit avec des lois fondamentales qui constituent ses propres processus de sélection des structures physiques voire biologiques voire neurologiques qui peuvent y apparaître. On retrouverait donc alors, à la vaste échelle des multivers, une généralité dans un processus stochastique contraint du type de celui que vous décrivez...

JJK. : Je suis d'accord avec vous, mais je pense qu'il faut être prudent quand on opère des généralisations..

Modélisation informatique de l'ontophylogenèse.

JPB. : Je voudrais vous poser une autre question, relative à la réutilisation possible des modélisations informatiques que vous avez réalisées en appui de votre théorie de l'ontophylogenèse. L'objectif serait d'étendre le champ de la programmation génétique, de façon à faire évoluer des systèmes artificiels obéissant non aux lois d'un darwinisme simple (mutation/sélection) mais aux logiques plus complexes que vous avez étudiées. Je pense en effet qu'il serait intéressant de simuler l'ontophylogenèse pour comprendre ce qui se passe dans des organismes tels que ceux désignés sur notre site par le concept de bioanthropotechniques, ou dans un autre domaine, pour comprendre comment des cerveaux artificiels pourraient construire des idées cohérentes à partir d'entrées-sorties multiples…et aléatoires....

JJK. : Je pense que oui. Des chercheurs s'y intéressent déjà. J'ai des contacts avec un scientifique québécois, Jean Jules Brault, qui y réfléchit(8). J'ai également rencontré des collègues du LIP6, dont Samuel Landau, ou du monde des Télécommunications, par exemple Dominique Pastor. Ils veulent faire du «bioinspiré» dans le domaine du traitement de signal ou analyse du web.

JPB. : C'est très bien, mais cela devrait être beaucoup plus général. Il existe des quinzaines de projets financés par la recherche européenne qui portent sur la robotique évolutionnaire. Chacun d'entre eux, me semble-t-il aurait le plus grand intérêt à s'intéresser à vos idées.

Le financement des recherches en France

JJK. : Vous avez raison, mais je me bats déjà dans mon domaine pour obtenir quelques crédits de recherche. Je ne me vois pas encore ouvrir un nouveau front. Dans mon domaine, vous serez certainement intéressé de savoir que j'ai participé avec des collègues dont Olivier Gandrillon à l'Université Claude Bernard de Lyon, Guillaume Beslon à l'INSA de Lyon, François Chatelain au CEA et Andras Paldi au Généthon d'Evry, à la création d'un consortium. Il s'agit d'équipes d'expérimentateurs qui travaillent directement sur ces idées d'expression stochastique et de différenciation cellulaire.

JPB. : Je suppose que vous déplorez, comme beaucoup de vos collègues, le peu d'intérêt que manifestent pour des recherches comme les vôtres ceux qui en France financent la recherche fondamentale...

JJK. : Oui. Je constate que les idées nouvelles, telles que celles que je défends, ont un plus grand écho à l'international qu'en France. C'est important à dire car en France on a de plus en plus tendance à n'attribuer de valeur qu'à ce qui est publié à l'étranger. J'avais ainsi été contacté, bien avant d'écrire la version française de mon livre, par l'éditeur de la version anglaise(9). De ce point de vue, qui n'est pas forcément le mien, mon travail est donc reconnu. Mais je constate par ailleurs que des articles reprenant souvent de manière très proche ce que j'avais précédemment publié paraissent dorénavant dans des revues étrangères, sans bien entendu me citer.

JPB. : Je trouve cela scandaleux, sachant que votre livre est non seulement révolutionnaire mais représente un travail de longues années. Cependant ce que vous dites ne m'étonne pas. Pour des raisons relevant de différentes causes, dont un masochisme intellectuel certain, les Français considèrent que rien de valable ne peut être réalisé en France. Il existe une névrose d'échec française. Tout doit provenir des Etats-Unis. Le soft-power américain a bien joué son rôle de colonisateur puisqu'il nous en a persuadés, ceci dès avant la seconde guerre mondiale. Mais l'aveuglement continue. D'un autre côté, l'incompétence scientifique de nos décideurs, tant politiques qu'universitaires, ne contribue pas à renverser la tendance.

Comme vous le savez, nous avons créé ce site et cette Revue, Christophe Jacquemin et moi, à titre individuel et bénévole, pour lutter contre cette névrose française consistant à cette intériorisation d'une prétendue infériorité de nos productions par rapport aux productions américaines. Mais notre audience reste limitée. Nous rencontrons constamment des gens qui se félicitent d'avoir réussi à imiter ce qui avait été fait à Boston trois ans auparavant. Vous pouvez être certain que ceux qui vous plagient en ce moment aux Etats-Unis, sans vous référencer, vont réintroduire sous peu vos thèses en Europe, sous pavillon américain. A ce moment tout le monde s'extasiera sur la créativité anglo-saxonne !

JJK. : Oui, ils le font déjà. Mais que faire contre cela ?

JPB. : Après vous avoir écouté, nous nous demandons si vous ne devriez pas faire un effort pour convaincre le grand public de l'intérêt pratique des recherches sur l'ontophylogenèse. Le darwinisme parle à beaucoup de bons esprits, qui voient à peu près ce dont il s'agit. On en a même tiré des conséquences politiques qui ont beaucoup nui à la science, comme celles relatives à l'élimination obligée des faibles par les forts. Dans votre domaine, ne pourriez-vous pas montrer que des enjeux très forts pourraient découler d'un approfondissement de vos recherches. Je pense par exemple à la lutte contre le cancer. Vous en parlez dans votre livre. Il est évident que, si vos recherches ne peuvent mener directement à la prévention de la cancérisation, elles semblent éclairer directement les mécanismes par lesquels une cellule se met brutalement, peut-être par hasard, à proliférer en s'affranchissant des contraintes résultant du fonctionnement normal de l'organisme. Pourquoi ne pas déposer un projet de recherche fondamental portant sur un ou plusieurs aspects de cette question ?

JJK. : Je ne dis pas non, mais je crains que nous ne soyons dans un pays où l'on n'ose plus rien faire d'audacieux. La crise y aide, bien évidemment. Il faut en finir. Mais comment ? Je suis persuadé que ce que je suis en train de faire est meilleur que ce qui se fait aux Etats-Unis. Mais nous avons besoin de soutiens matériels pour poursuivre de telles recherches. J'ai déposé des projets de financement. Le consortium dont je vous ai parlé le fait à son tour. Pourtant, systématiquement, nos demandes sont rejetées. Personne ne veut prendre de risques.

JPB. : Cela tient sans doute en partie au fait que les biologistes qui vous jugent pour vous financer se sentent menacés dans leur carrière par de tels projets. Il s'agit d'un problème que l'on rencontre partout.

Pour notre part, nous aimerions faire quelque chose pour vous aider, en dehors de publier le présent entretien. Peut-être pourrons-nous en reparler. Christophe Jacquemin et moi, nous vous assurons qu'en tous cas nos colonnes, comme l'on dit, vous sont ouvertes. Vous êtes au cœur de véritables problématiques, non seulement de connaissances fondamentales, mais de santé publique. Nous devons en persuader nos lecteurs.

JJK. : Merci.


Notes. Ces notes sont d'Automates Intelligents et n'engagent pas Jean-Jacques Kupiec.

(1) Lire de Jean Tavlitzki et Emile Noël l'ouvrage «12 clefs pour la biologie», Belin 1985
(2) « Le hasard au coeur de la cellule, probabilités, déterminisme, génétique » Collection Matérialogiques, Editions Syllepse, février 2009, collectif dont Jean-Jacques Kupiec a coordonné la rédaction.
(3) Bert Hölldobler et E.O. Wilson. The Super-Organisme. The Beauty, Elegance and Strangeness of Insect Societies. Norton 2009. Nous présenterons prochainement ce livre admirable sur ce site.
(4) Emergence «forte» par opposition à l' « émergence faible ». Ce dernier terme se borne à désigner l'apparition au regard d'un observateur de phénomènes que sa connaissance trop imprécise des déterminismes sous-jacents ne lui avait pas permis de prévoir : on parle par exemple de l'émergence d'une nouvelle souche virale. Voir notre discussion de l'émergence dans notre article «De l'évolution et de l'émergence»
(5) Convections de Bénard : voir Cellules de Bénard
http://fr.wikipedia.org/wiki/Cellules_de_Benard
(6) Sur Jean-Pierre Changeux : voir notre recension de son ouvrage Du Vrai, du Beau et du Bien

(7) Sur Gilbert Chauvet, voir notamment notre entretien
(8) Jean-Jules Brault. Voir http://www.polymtl.ca/recherche/rc/professeurs/details.php?NoProf=83
(9) La version anglaise de l'ouvrage est paru en mars 2009 chez World Scientific, sous le titre "The Origin of Individuals" .



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